1、由权利人持权利证书主动向登记部门申请注销登记2、登记部门依职权对该登记事项予以纠正，并注销该权利证书。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第二百六十一条 农民集体所有的不动产和动产，属于本集体成员集体所有。下列事项应当依照法定程序经本集体成员决定：
（一）土地承包方案以及将土地发包给本集体以外的组织或者个人承包；
（二）个别土地承包经营权人之间承包地的调整； （三）土地补偿费等费用的使用、分配办法；
（四）集体出资的企业的所有权变动等事项；
（五）法律规定的其他事项。
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